Возвращение домой?
Хуммельс воспитанник футбольной школы мюнхенской «Баварии», где его отец, Херман Хуммельс, являлся тренером. Начинал карьеру на позиции опорного полузащитника но затем был переведён в центр обороны.
С 2005 года выступал в региональной лиге за вторую команду «Баварии», где за два сезона сыграл 42 матча и забил 5 мячей. С сезона 2006/2007 начал тренироваться с основным составом «Баварии», а в 2007 году подписал контракт с клубом на 2 года. В Бундеслиге дебютировал 19 мая 2007 года в матче против «Майнца», завершившемся победой мюнхенцев со счётом 5:3.
В 2008 году Хуммельс был отдан в аренду «Боруссии» из Дортмунда, так как молодому защитнику не находилось места в основном составе «Баварии». В «Боруссии» Матс быстро стал игроком основы, во многом, благодаря главному тренеру Юргену Клоппу. В начале января 2009 года, Хуммельс, в одном из матчей чемпионата надорвал связки правой лодыжки и выбыл на шесть недель. Меньше чем через месяц стало ясно, что Матс намерен остаться в «Боруссии» и не возвращаться в «Баварию».
В сезоне 2010/2011 Матс вместе с командой стал чемпионом Бундеслиги. «Боруссия» показывала очень качественный футбол на протяжении всего сезона, а Хуммельс стал одним из лучших защитников по итогам чемпионата. В следующем сезоне «шмели» отстояли титул чемпионов. В чемпионате Матс действовал очень надежно в своей линии, сыграв в 33-х матчах Бундеслиге. В сезоне «Боруссия» пропустила 25 голов. Также в составе «дортмундцев» Матс стал и обладателем Кубка Германии. В финале «черно-желтые» нанесли поражение «Баварии» со счетом 5:2. В следующем сезоне «Боруссия» не смогла завоевать трофеев, однако сумела дойти до финала Лиги чемпионов, где уступила принципиальному сопернику «Баварии» (1:2).
Перед началом сезона 2014/2015 Хуммельс был назначен новым капитаном «Боруссии», сменив на посту ветерана команды Себастьяна Келя.