Бородюк - новый главный тренер Кайрата
Карьера тренера
С 2002 года был тренером сборной России. 6 декабря 2005 года возглавил молодёжную сборную России и стал старшим тренером основной команды, помощником Гуса Хиддинка, а позже — Дика Адвоката. 3 июля 2012 года завершил свою продолжительную работу в РФС, поскольку 25 июня 2012 года был назначен спортивным директором московского «Динамо» и не мог совмещать оба поста одновременно. Однако уже через четыре месяца покинул пост из-за разногласий с главным тренером команды Даном Петреску. 6 июня 2013 года назначен спортивным директором «Торпедо», а после увольнения Бориса Игнатьева и Владимира Казакова стал главным тренером команды, поскольку у и. о. главного тренера Николая Савичева не было лицензии Pro, необходимой для руководства командой в ФНЛ. Под руководством Бородюка «Торпедо», спустя 8 лет, сумело выйти в Премьер-лигу, переиграв в стыковых матчах «Крылья Советов». Однако тренер решил не продлевать с клубом контракт и покинул свой пост.